בבית הילדים חיים ומטופלים כ- 100 ילדים וילדות בגילאי 6-15, כולם ילדים בסיכון גבוה. הילדים מגיעים לבית הילדים בהפניית משרד הרווחה, חלקם לאחר שהוצאו מביתם בצו בית משפט, חלקם לאחר אשפוז במחלקות פסיכיאטריות, או בכדי למנוע אשפוזים או הפנייה למסגרות סגורות אחרות. רבים מהילדים המופנים לטיפול ב"הרי ירושלים" חוו הזנחה קשה, דחייה, נטישה או התעללות פיזית ונפשית ועקב כך הם סובלים ממצוקה רגשית ונפשית מורכבת וקשה. מצוקה הבאה לידי ביטוי בפחדים, חרדות, דיכאונות, קשיי התנהגות, קשיי למידה, אלימות, אובדנות ועוד. הילדים מגיעים מכל רחבי הארץ ומכל מגזרי החברה הישראלית, והסיפור של כל ילד שונה, אולם המשותף לכולם הוא היותם קורבן של פגיעה, והמצוקה הרגשית הקשה עמה הם מתמודדים.

לבית הילדים, אשר נמצא בקריית יערים, סמוך לאבו גוש, מגיעים הילדים לתקופה ממושכת של 4-6 שנים, כאן הם מקבלים מעטפת טיפולית ואנושית חמה המספקת להם את כל צורכיהם. בית הילדים פועל 365 ימים בשנה, עם צוות מקצועי גדול המעניק טיפול מסור לילדים על מנת לשקם אותם מהטראומות של ינקותם וילדותם המוקדמת, כאשר היחס בין הצוות לילדים גדול מאחד לאחד (בבית הילדים למעלה מ- 150 עובדים). הצוות יוצר עבורם סביבה שיש בה קביעות, יציבות, וקשר אישי חם. הקשר מבוסס על היכרות מלאה של חברי הצוות עם כל ילד וילדה במהלכה מתפתחות מערכות רגשיות קרובות ואוהבות עם הילדים. בבית הילדים, נוסף על הפנימייה, פועל גם בית ספר לחינוך מיוחד ומערכת טיפולית עשירה, הנותנת ליווי ומענה לצרכים המיוחדים של כל ילד וילדה.

הילדים בבית הילדים מחולקים לשתי קבוצות: חטיבה צעירה ובה ילדים בני 6 עד 11 וחטיבת הביניים ובה ילדים בני 12 עד 15, ומחולקים ליחידות עפ"י גילם ומצבם. בכל יחידה יש 12 ילדים שחולקים ביתן מגורים וסדר יום משותף, ומלווים ע"י צוות קבוע שכולל רכז, פסיכולוג/ית, עובדת סוציאלית, שלושה מורים, שלושה מדריכים, בת שירות לאומי, חניך שנת שירות, מטפלים בתרפיות שונות, מתמחים בפסיכולוגיה, חינוך ועוד. הצוות הגדול והמקצועי עוטף את הילדים ומעניק להם טיפול מקיף המותאם לכל ילד וילדה באופן אישי. מערכת שיקומית-טיפולית עשירה מספקת שעות פרטניות של פסיכותרפיה במשחק, וכן תכניות תרפיה נוספות ביניהן: טיפול באמצעות בעלי חיים, טיפול במוזיקה ,טיפול באומנות וריפוי בעיסוק ועוד, הנותנות מענה משלים לצרכים המיוחדים של כל ילד.

במקרים רבים "הרי ירושלים" מהווה עבור הילד הזדמנות אחרונה לשיקום. המסגרת ושיטת הטיפול המיוחדת של "הרי ירושלים", שנקראת "הטיפול במרחב החיים", מניבה הצלחה משמעותית, שנה אחר שנה, ואף זוכה להכרה בינלאומית. עפ"י שיטה זו, הטיפול מתקיים כולו במרחב הפנימייתי, ומבוסס על 4 עקרונות: טיפול ארוך טווח (3 שנים לפחות); יצירת קשר אישי בין הילד למטפל; שילוב משפחת הילד בתהליך השיקום; וטיפול במטפלים. 

באמצעות שיטת הטיפול הייחודית, עזרנו לאורך השנים לאלפי ילדים להשתקם, לשנות את המציאות האיומה של חייהם, ולזכות בעתיד טוב יותר. קרוב ל- 70% מהבוגרים שלנו ממשיכים לשירות צבאי, ללימודים, לעבודה ולחזרה למעגל החיים הנורמטיבי בחברה הישראלית.